开封市疾病预防控制中心成立于1952年，是我省建立最早的地级市卫生防疫站，2004年更名为开封市疾病预防控制中心，同年12月中心机构规格由副县级调整为正县级。2006年6月，由东大街90号整体搬迁至开封市汉兴路155号。
中心内设24个科室。其中行政职能科室6个，业务科室17个，离退休党支部1个。外设预防接种门诊部1个、美沙酮门诊1个和驾驶员体检站1个。
现有在职职工178人，其中研究生30人，占人员总数16.85%；大学以上学历人员85人，占人员总数的47.75%。高级职称27人，占人员总数15.16%；中级职称70人，占人员总数39.33%，人力综合素质指数达到市级指标要求。目前市级拔尖人才4人、市级学科带头人1人，市级优秀专业技术人才3人，市级后备人才5人。
目前中心实验室面积达3071.5平方米，建有局部百级无菌实验室、万级霉菌实验室、常压P2生物实验室、负压P2生物实验室、艾滋病初筛确认负压P2生物实验室、PCR分子生物实验室等微生物实验室，电感耦合等离子体质谱仪(ICP-Ms)、气相色谱/三重串接四极杆质谱仪（GC-MS-MS）、超高压液相色谱/三重串接四极杆质谱仪(LC-MS-MS)等大型仪器实验室，常用色谱实验室、光谱实验室、普通仪器实验室。能开展免疫学、分析化学、分子生物学及健康相关产品微生物检测、理化检测、寄生虫病病原学检测，职业卫生场所监测、公共卫生场所监测、生活饮用水检测、居住环境有毒有害因素监测等共计检测634项（食品类323项、非食品类311项），检验设备达标率在95%以上。中心实验室被批准为开封市唯一一家预防医学重点实验室，并已取得实验室“资质认定计量认证证书”、“食品检验机构资质认定证书”、“职业卫生技术服务机构资质证书”、“公共场所卫生技术服务机构资质证书”。中心疫情网络直报、信息交流、数据传递等工作实现了网络化、快速化和无纸化办公。
中心在河南省鸡专项工作中，从屠宰场冷藏后整禽中分离出一株罕见科瓦利斯沙门氏菌（Corvallis），被国家菌种库作为标准菌株收藏。
中心与国家疾控中心应急办、病毒预防控制所签订了“人才培养及传染病防控、卫生应急和流感监测网络建设”对接协议，参与了《乙型肝炎病毒免疫预防新策略的研究》、《超高压灭活病毒技术用于治疗艾滋病的临床研究》等国家科技重大专项课题研究，《肉鸡孵化、养殖、加工、运输和销售全过程沙门菌污染状况研究》被市科技局评为科技成果；科技项目《开封地区甲型H1N1流感病毒分离鉴定及同源性分析》被市科技局评为科技成果二等奖；《健康管理和疾病管理在城市社区慢性病防控中的应用研究》被市政府授予科学技术进步三等奖。